Vakuolasi sel merujuk kepada kemunculan vakuol (vesikel) dengan saiz yang berbeza dalam sitoplasma dan nukleus sel yang merosot, dan sel adalah selular atau retikular.Terdapat banyak sebab untuk keadaan ini.Kita boleh mengurangkan vakuolasi sel dalamkelalang kultur selsesedikit mungkin melalui operasi harian.
1. Sahkan keadaan sel: tentukan keadaan sel sebelum mengkultur sel, dan cuba pilih sel dengan bilangan penjanaan tertinggi untuk penanaman, bagi mengelakkan vakuol akibat penuaan sel semasa proses penanaman.

2. Tentukan nilai pH medium kultur: sahkan kesesuaian pH medium kultur dan pH yang diperlukan oleh sel untuk mengelak daripada menjejaskan pertumbuhan sel akibat pH yang tidak sesuai.
3. Kawal masa penghadaman trypsin: semasa subkultur, pilih kepekatan trypsin yang sesuai dan pilih masa penghadaman yang sesuai untuk penghadaman, dan elakkan terlalu banyak buih udara semasa operasi.
4. Perhatikan status sel pada bila-bila masa: Semasa mengkultur sel, perhatikan status sel dalam kelalang kultur sel pada bila-bila masa untuk memastikan sel memerlukan nutrien yang mencukupi dan mengelakkan pemvakuolaan sel akibat kekurangan nutrien.
5. Cuba gunakan serum lembu janin dengan kualiti yang baik dan saluran tetap, kerana serum tersebut kaya dengan nutrien dan mempunyai sedikit faktor rangsangan eksogen, yang boleh mengelakkan masalah sedemikian dengan berkesan.
Operasi di atas boleh mengurangkan vakuolasi sel dalam kelalang kultur sel.Di samping itu, keperluan kemandulan harus dilaksanakan dengan ketat semasa operasi untuk mengurangkan kemungkinan pelbagai pencemaran.Jika sel didapati tercemar, ia harus dibuang tepat pada masanya untuk mengelak daripada menjejaskan eksperimen seterusnya.